Die Tatsache, dass die Festung seit österreichischer Zeit gleichzeitig ein Gefängnis war, ist nicht allgemein bekannt.

Die Russen bauten diese Funktion aus und verliehen ihr einen besonderen Charakter: die Haft in der Festung stellte eine Ersatzstrafe für die zur Vertreibung nach Sibirien Verurteilten dar. Diese Strafe bezog sich also in erster Linie auf politische Gefangene – Unabhängigkeitskämpfer. Die Verurteilten schienen nicht im allgemeinen Häftlingsverzeichnis des Königreichs Polen auf. Die Häftlinge wurden in Kassematten verwahrt, die sich in der Nähe der Stadttore befanden, wurden zur körperlichen Arbeit bei der Reparatur der Befestigungen gezwungen, oft mit an den Füßen angeketteten Kugeln. Der berühmteste Häftling von Zamość war Major 4 des Regiments der Linieninfanterie (sog. Czwartacy), Walerian Łukasiński, Gründer der Nationalen Freimaurer und der Nationalen Patriotischen Gesellschaft (1786-1868). Łukasiński war in den Jahren 1807-15 Soldat des Herzogtums Warschau und nahm unter anderem an der Schlacht bei Raszyn teil. 1817 wurde er zum Grad des Majors befördert. 1819 gründete er in Warschau die Nationale Freimaurerloge, und 1821 die Nationale Patriotische Gesellschaft. 1822 wurde die Verschwörung aufgedeckt. Am 25. Oktober 1822 wurde Łukasiński festgenommen und 1824 zu 9 Jahren Festung verurteilt. Er wurde am 6. Oktober 1824 in der Kassematte des Alten Lwowska-Tors inhaftiert, später beim Alten Lubelska-Tor, wo er 1825 der Initiator eines Häftlingsaufstands war. Am 10. September 1825 wurde er in Verbindung damit zum Tode verurteilt. Der Großherzog Konstantin änderte das Urteil und verurteilte den Häftling zu insgesamt 14 Jahren Festung, öffentliche Geißelung und Handschellen verurteilt. Der Verurteilte wurde somit in die Kassematten des Szczebrzeska-Tors verlagert. Während des Novemberaufstands brachten die sich zurückziehenden russischen Armeen Łukasiński in die Festung Szlisselburg, wo er trotz des Ablaufs seines Urteil bis zu seinem Tode im Jahr 1868 inhaftiert war und somit insgesamt 46 Jahre im Gefängnis verbrachte.